Nhờ các hoạt động kinh tế được quy hoạch tốt, nhà chức trách Bắc Borneo bắt đầu khai hoang đất cho nông nghiệp, và quyền lợi đất đai của người bản địa bắt đầu được hình thành.[62][63] Tuy nhiên, chính phủ nhận thấy cư dân bản địa quá nhỏ và không phù hợp trong việc đáp ứng yêu cầu phát triển hiện đại, do đó họ bắt đầu bảo trợ nhiều kế hoạch di cư của lao công người Hoa từ Hồng Kông và Trung Quốc.[64][65] Năm 1882, nhà chức trách Bắc Borneo bổ nhiệm Walter Henry Medhurst làm ủy viên về vấn đề người Hoa nhập cư nhằm tạo lực lượng lao động để thu hút thêm doanh nhân đến đầu tư tại Bắc Borneo.[66] Các nỗ lực của Medhurst tốn kém và không thành công; tuy nhiên người Khách Gia dù không nằm trong kế hoạch song họ bắt đầu di cư đến Bắc Borneo rồi lập nên một cộng đồng nông nghiệp tại đây.[66]

Từ thế kỷ 18, cây thuốc lá trở thành ngành trồng trọt đứng đầu của Bắc Borneo.[67] Lịch sử ngành đốn gỗ tại Bắc Borneo có thể truy từ thập niên 1870.[68] Kể từ thập niên 1890, xuất khẩu gỗ cứng tăng lên,[69] khi quy mô đốn gỗ được mở rộng đặc biệt là vào giai đoạn giữa hai thế chiến.[39] Trong thập niên 1900, Bắc Borneo tham gia làn sóng cao su. Sự kiện hoàn thành tuyến đường sắt Bắc Borneo giúp chuyên chở tài nguyên đến một cảng lớn tại bờ tây. Đến năm 1915, khoảng 34.828 mẫu Anh (14.094 ha) đất, cộng thêm các tiểu chủ người Hoa và Bắc Borneo, đã trồng cây cao su.[66] Trong cùng năm, Thống đốc Bắc Borneo Aylmer Cavendish Pearson mời di dân người Nhật tham gia hoạt động kinh tế tại đây. Chính phủ Nhật Bản nhận được yêu cầu nhiệt tình và phái các nhà nghiên cứu đi khám phá các cơ hội kinh tế tiềm năng.[70] Trong giai đoạn đầu, chính quyền Nhật Bản khuyến khích các nông dân của họ đến Bắc Borneo để trồng lúa do Nhật Bản phụ thuộc vào nhập khẩu gạo. Do người Nhật tăng quan tâm về tính kinh tế, họ mua các đồn điền cao su do chính phủ Bắc Borneo sở hữu.[70] Đến năm 1937, Bắc Borneo xuất khẩu 178.000 mét khối gỗ, vượt qua Xiêm La.[69]

Đơn vị tiền tệ ban đầu của Bắc Borneo là dollar Mexico, tương đương 100 cent. Đồng tiền này sau đó được neo với dollar Eo biển và tỷ giá là 9 dollar Eo biển (tương đương 5 dollar Mỹ vào đương thời).[71] Các giấy bạc khác được phát hành trong suốt thời kỳ cai trị, trên tiền miêu tả núi Kinabalu hoặc huy hiệu của công ty.[72]